Với mục tiêu bảo tồn tính đa dạng sinh học của hệ sinh thái rừng, biển Nam Trung Bộ, đặc biệt là hệ sinh thái rừng khô tiêu biểu và độc đáo của Việt Nam với các loài động, thực vật rừng biển đặc hữu, quý hiếm; phát huy những giá trị và chức năng của rừng trong việc bảo vệ môi trường, phục vụ nghiên cứu khoa học, giáo dục về môi trường và hợp tác quốc tế về bảo tồn thiên nhiên; khai thác tiềm năng nhiên nhiên, phát triển du lịch sinh thái, góp phần phát triển kinh tế-xã hội tại địa phương, đặc biệt là các xã vùng đệm của VQG.
Khu bảo tồn biển của VQG Núi Chúa chia thành 5 phân khu: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, Phân khu bảo vệ rùa biển, Phân khu bảo vệ cỏ biển, Phân khu hỗ trợ bảo tồn tài nguyên sinh vật biển và Phân khu du lịch sinh thái biển. Theo đánh giá của các nhà khoa học, thì cách phân chia này đang gặp một số trở ngại và bất cập. Việc tổ chức quản lý Khu bảo tồn Biển VQG Núi Chúa theo cách phân chia này chưa phù hợp với quy định của Nghị định 57/2008/NĐ-CP ngày 2-5-2008 của Chính phủ về ban hành quy chế quản lý khu bảo tồn biển có tầm quan trọng quốc gia và quốc tế; cũng như, không theo kịp tốc độ phát triển kinh tế - xã hội của vùng ven biển huyện Ninh Hải nói chung và địa phương thuộc VQG Núi Chúa nói riêng; năng lực quản lý của các cơ quan chức năng còn nhiều hạn chế; việc phân chia nói trên có khá nhiều vùng chức năng, từ đó, chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn và mang lại kết quả chưa như mong muốn, cũng như tồn tại nhiều bất cập trong sử dụng tài nguyên biển vùng này.
Với kết quả nghiên cứu của Dự án “ Trình diễn mô hình quản lý bền vững rạn tài nguyên rạn san hô ở vùng biển ven bờ huyện Ninh Hải, tỉnh Ninh Thuận, Việt Nam” giai đoạn 2011 – 2014 vừa kết thúc, cho thấy:
Diện tích rạn san hô phân bố trong vùng biển huyện Ninh Hải rộng hơn nhiều so với các nghiên cứu trước đó; diện tích đạt 2.300 ha, cao hơn gấp 2 lần so với kết quả nghiên cứu năm 2005 (1.070 ha), là khu vực có sự phân bố rạn san hô thuộc loại lớn nhất Việt Nam, hình thái cấu trúc khá đa dạng và đặc trưng, có ý nghĩa về mặt địa chất và lịch sử phát triển của đại dương mà ít nơi nào có được. Quần xã sinh vật rạn phong phú, với 4 quần xã san hô đặc trưng và có 310 loài thuộc 60 giống và 15 họ san hô cứng tạo rạn. Cá rạn san hô ghi nhận được 297 loài thuộc 116 giống và 43 họ cá rạn; bổ sung 53 loài so với danh mục 244 loài trước đây. Rong biển cũng được xác nhận có 174 loài thuộc nhiều nhóm ngành đang tồn tại trong Khu bảo tồn biển VQG Núi Chúa. Động vật đáy không xương sống được ghi nhận có 150 loài thuộc các nhóm thân mềm (ốc tù và, ốc đụn, trai tai tượng), giáp xác (tôm hùm, tôm bác sĩ), da gai (cầu gai đen, cầu gai bút chì, nhum sọ và hải sâm). Thảm cỏ biển phân bố ở các bãi triều cạn và vùng nước nông cũng được xác nhận có diện tích cao hơn nhiều so với các nghiên cứu trước đây (280 ha so với 40 ha được ghi nhận). Đặc biệt, nhiều bãi cát ven bờ huyện Ninh Hải là những bãi rùa đẻ, là nơi hiếm hoi trên đất liền Việt nam còn sót lại sự hiện diện của rùa biển, hiện tại đã xác định được 3 loài rùa biển xuất hiện trong vùng biển Khu bảo tồn biển VQG Núi Chúa, gồm Rùa Xanh, Đồi Mồi và Vích.
Để đảm bảo quản lý bền vững nguồn tài nguyên và môi trường biển trong khu vực khu bảo tồn biển của tỉnh, việc tăng cường năng lực quản lý của Khu bảo tồn biển sẽ là yếu tố cơ bản để đảm bảo năng lực thực thi các kế hoạch, chương trình, chiến lược đề ra.
Việc tăng cường quản lý Khu bảo tồn biển VQG Núi Chúa cần tập trung một số giải pháp để đảm bảo cho sự phát triển bền vững, trong đó:
- Thực hiện sửa đổi phân vùng sử dụng tài nguyên – môi trường khu bảo tồn theo quy chế quản lý khu bảo tồn biển đã được Chính phủ phê duyệt; chia Khu bảo tồn thành 3 phân khu chức năng chính: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, Phân khu phục hồi sinh thái và Phân khu phát triển nhằm tập trung nguồn lực và cụ thể hóa được các cơ chế quản lý, tránh chồng chéo.
- Tăng cường năng lực quản lý của VQG Núi Chúa thông qua việc thành lập Ban Quản lý Khu bảo tồn Biển và ban hành quy chế hoạt động của Ban quản lý này theo hướng tăng cường trách nhiệm và quyền hạn theo quy định của Chính phủ; chú trọng việc thu hút sự tham gia quản lý của cộng đồng dân cư trong quản lý hoạt động của Ban quản lý Khu bảo tồn biển.
- Tăng cường các hoạt động hợp tác quốc tế, liên doanh, liên kết nhằm gia tăng các nguồn lực đầu tư, giúp tạo điều kiện cho Ban Quản lý Khu bảo tồn biển nói riêng và VQG Núi Chúa nói chung hoạt động hiệu quả hơn.
Đỗ Phước Vinh